L'univers de 40k regorge de "recoins sombres", en faire une liste est impossible...
Si on interprète "recoins sombres" par son sens le plus strict de "zones peu ou pas connues de la galaxie", alors il en existe déjà beaucoup... La Région du Voile, que la vision des Astropathes ne peut pénétrer, est très certainement la plus étendue. Les régions extérieures de la galaxie sont également très peu connues, la Zone du Halo (qui vit la fin du rêve du Lord Solar Macharius), les Astres Fantômes, etc... Et certaines zones au coeur même de l'Impérium restent mystérieuses, comme les planètes de Saharduin qui sont "obscures et inexplorées" (et très probablement peuplées de Xenos nommés "Piscéens" par l'Impérium) par exemple...
Et si on étend le sens à "tout ce que GW n'a fait que mentionner en passant sans jamais le dévelloper" alors on obtient également une liste de Xenos assez étendue parmi lesquels les plus connus sont les Hrud et les Demiurg... Il est d'ailleurs assez interessant de noter que les Kroots et les C'tan firent partie de ces créatures méconnues il y a encore assez peu de temps de cela...
Pour ce qui est des Squats, je n'appelerais pas ça un "recoin sombre", le (vieux) fluff contenant presque plus de choses sur eux que sur certains aspects de l'Impérium! Va donc jeter un oeil sur Taran, tu verras qu'on sait pas mal de choses sur les Homo Sapiens Rotundus...